VNC可以对数据进行压缩，使得传输的数据量比直接用SSH加密的小，但是缺点有一到两次机会让同一网段的计算机用sniffer窃听到用户名和密码。认证之后的数据可以进行加密传输，所以使用过程中如果经过配置，则是安全的，否则传输内容不能保证完全保密。必要时可以通过SSH进行加密端口映射来保证传输用户名和密码的时候也是加密的，这一操作占用的额外带宽是极少的。
至于SSH保护VNC的安全，需要使用SSH的端口转发功能。一般在客户端使用的是Linux的时候，可以先用SSH建立链接，语法上应当添加“-L 本地端口:本地地址:远程端口 远程地址”这一附加参数，比如说本地是X.Y.Z.W，服务器是A.B.C.D，要转发的端口本地的是5901，远程的也是5901，那么命令应当是：ssh -L 5901:X.Y.Z.W:5901 A.B.C.D
其他的参数多数可以同时使用。执行完毕后就已经创建了服务器5901端口和本地5901端口的加密隧道。假设要链接的服务器上运行的VNC桌面号是2，则继续执行如下命令：vncviewer A.B.C.D:2
这样打开的VNC窗口所有数据都经过了SSH的加密。
由于一般管理情况下多采用SSH的Windows客户端，也就是SSH Secure Shell，所以下面介绍如何配置Windows下的SSH Secure Shell来配合VNC实现安全的Linux远程桌面管理。
首先，在SSH Secure Shell的主界面上选择Settings下的Tunneling，如图所示。
然后，选择添加一个配置，如图所示，其中Listen是本机端口，Destination是远程地址和端口，Display可以设定自己的描述。
为SSH Secure Shell设定Tunneling
Tunneling设定的具体选项
最后，再运行vncviewer来链接即可。特别值得注意的是：此处Server的地址不是需要连接的VNC Server的地址，而是前面设定的本机的SSH侦听端口的地址，因为所有通往VNC Server的流量都需要先经过本机的SSH进行转发，如图所示，一般设定为localhost加端口即可，该端口就是在图中设定的SSH的侦听端口。
使用Windows中的VNC Viewer连接Linux端的VNC Server
下图清晰地给出了使用Wireshark对上述通信的流量进行抓包的结果，可以看到，从客户端去往服务器端的VNC流量，均采用SSH协议进行了加密传输，因此针对传统的未经过SSH加密处理的VNC通信来说要安全很多，能够有效地避免窃听和中间人攻击：
针对上述通信流程的抓包结果显示
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