轻松上手！Linux下fftw3安装教程 (linux下fftw3安装)

FFTW3是一个高效的快速傅里叶变换库，被广泛应用于信号处理和图像处理等领域。在Linux下安装FFTW3库可以便于我们在代码开发和数据处理中进行快速的傅里叶变换操作。但是对于一些没有安装过软件的初学者来说，在Linux下安装FFTW3可能会遇到一定的困难。在本文中，将为大家讲解如何在Linux系统中轻松安装FFTW3库。

之一步：安装依赖库

在安装FFTW3库前，我们需要先安装一些必要的依赖库。这些依赖库包括GNU Scientific Library、GNU Multiple Precsion Arithmetic Library和OpenMP库。在终端中输入以下指令安装这些依赖库。

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sudo apt-get install libgsl-dev libmpfr-dev libmpc-dev libblas-dev libopenblas-dev libopenmpi-dev openmpi-bin

“`

第二步：下载FFTW3库

在Linux下，我们可以从官方网站上下载FFTW3库的源码，然后进行编译和安装。打开浏览器，访问FFTW3官方网站https://www.fftw.org/。在网站上找到“Download”链接，然后选择需要下载的版本，点击下载链接。

wget https://github.com/FFTW/fftw3/archive/refs/tags/v3.3.9.tar.gz

tar xf v3.3.9.tar.gz

第三步：编译安装

下载完FFTW3库源码后，在终端中输入以下指令进行编译。在此过程中需要注意，根据不同电脑平台的情况，还需要针对平台做出相应的配置。

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cd fftw3-3.3.9/

./configure –enable-shared –disable-static CC=gcc MPIF90=mpif90

make

make install

“`

在上述指令中，“–enable-shared”表示要生成共享库，“–disable-static”表示不要生成静态库。还需要设置编译器CC和MPIF90，并在配置时将OpenMP和MPI支持打开。

当编译完成后，我们需要将生成的库文件添加到系统环境变量中。在以下命令中，我们将文件路径添加到/etc/ld.so.conf中，并运行ldconfig命令以更新系统环境变量。

“`

sudo vi /etc/ld.so.conf

# add the following line to the end of file

/usr/local/lib

sudo ldconfig

“`

第四步：验证安装

完成以上步骤后，我们需要验证安装是否成功。在终端中输入以下指令进行验证。

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ld -lfftw3 -lm -L/usr/local/lib

“`

如果我们看到以下输出，说明FFTW3库已经安装成功了。

“`

/usr/bin/ld: cannot find -lfftw3

collect2: error: ld returned 1 exit status

“`

本文介绍了Linux下FFTW3库的安装步骤，我们可以通过以上指令轻松安装FFTW3库。对于一些初学者来说，在Linux环境下安装软件可能会有一定的挑战性，但只要按照本文中的步骤，即可以轻松上手！

相关问题拓展阅读：

• 为什么fftw安装后没有mpi
• 为什么编译出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好

为什么fftw安装后没有mpi

首先，你要确认你安装fftw和mpich的路径，然后找到lammps/src/MAKE/Makefile.g++,对它进行编辑修改我的mpi路径是/opt/mpich2，MPI_INC=-DMPICH_SKIP_MPICXX-I/opt/mpich2/includeMPI_PATH=-L/opt/mpich2/libfftw路径是/opt/fftw215,FFT_INC=-DFFT_FFTW-I/opt/fftw215/includeFFT_PATH=-L/opt/fftw215/lib其它的不用改然后打开终春笑行端，在src目录下输入命令：makeg++等待十几分钟最后生成了可执行文件lmp_g++说明安装成功。然后在你的主文件夹下找到.bashrc文件，在最后加入下面的内容LD_LIBRARY_PATH=/opt/mpich2/lib:/opt/fftw215/lib:/home/sky/tools/lammps/src/lib:$LD_LIBRARY_PATH注意按照你自己的安装路径进行扒哗改动。然后用命令source~/.bashrc进行更新。然后lmp_g++就可以用了升则然后。。。然后你该给我分了。

为什么编译出的 gromacs 多 GPU 加速效果不好

一个可能的原因是 boost 的版本较低。

改进办法是执行如下命令：

# sudo apt-get install libboost-all-dev 

然后按照文章步骤安装就可以了，为了便于阅览，我们把步骤也贴在这里：

机器操作系统为 Ubuntu14.04，安装了 CUDA7.5。

在家目录下建立 gromacs 目录做为工作目录下，搭困拷贝了 4 个

安装包

：

openmpi-1.6.5.

tar.gz

fftw-3.3.3.tar.gz

cmake-2.8.9.tar

gromacs-5.0.4.tar.gz

1.安装 openmpi

$ cd ~/gromacs

$ tar –xvf openmpi-1.6.5.tar.gz

$ cd openmpi-1.6.5

$ ./configure –prefix=/opt/openmpi

$ sudo make

$ sudo make install

2.安装 fftw 

$ 察枝哗cd ~/gromacs

$ tar –xvf fftw-3.3.3.tar.gz

$ cd fftw-3.3.3

$ ./configure –prefix=/opt/fftw –enable-float –enable-shared

$ sudo make

$ sudo make install

3.安装 cmake

$ cd ~/gromacs

$ tar xvf cmake-2.8.9.tar

$ cd cmake-2.8.9

$ ./bootstrap

$ sudo make

$ sudo make install

4.编译 gromacs GPU 版本

$ cd ~/gromacs

$ mkdir build-gpu

$ cd build-gpu

$ sudo cmake .. -DFFTWF_LIBRARY=/opt/fftw/lib/libfftw3f.so -DFFTWF_INCLUDE_DIR=/opt/fftw/include  -DGMX_MPI=ON –DGMX_GPU=ON -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gromacs-5.0.4-gpu

$ sudo make

$ sudo make install

步骤 4 编译 gromacs 时，cmake 步骤如果有如下提示信息的话，败行说明 boost 版本低：

配置环境变量：

$ vi ~/.bashrc

增加如下内容：

export PATH=$PATH:/usr/local/cuda/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda/lib64

export PATH=$PATH:/opt/openmpi/bin

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/lib

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/fftw/lib

export PATH=$PATH:/opt/gromacs-5.0.4-gpu/bin 

保存退出。 

关掉当前终端窗口，重新开启一个终端窗口。 

下面我们测试一下样例程序在单 GPU 和多 GPU 的数据。

测试服务器配置如下：

CPU：2 颗 E5-2620（6 核心）

内存：64G

GPU：2 片 K80（每片 K80 有 2 核心，所以有 4 个 GPU 设备） 

在家目录下建立目录 test，将 ADH_bench_systems.tar.gz 拷贝到该目录下。

$ cd ~/test

$ tar xvf ADH_bench_systems.tar.gz

$ cd adh_cubic

$ grompp_mpi –f rf_verlet.mdp 

单 GPU 的调用命令是： 

$ mdrun_mpi

或

$ mpirun –np 1 mdrun_mpi

多 GPU 的调用命令是：

$ mpirun –np 2 mdrun_mpi

或

$ mpirun –np 3 mdrun_mpi

或

$ mpirun –np 4 mdrun_mpi

单 GPU 设备执行数据如下图：

2 个 GPU 设备执行数据如下图：

3 个 GPU 设备执行数据如下图：

4 个 GPU 设备执行数据如下图：

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